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查找英文医学资料的重要网页

更新时间:2003-5-8 21:17:58 来源:WEB 作者:web 可选字体【
目前主要的中文的搜索引擎有:Google http://www.google.com/intl/zh-CN/,中文雅虎http://cn.yahoo.com/,搜狐http://dir.sohu.com/,新浪http://search.sina.com.cn/,悠游http://www.goyoyo.com.cn/,番薯藤http://www.yam.com.tw/gb/yam/ 等。其中方便查找医学资料的搜索引擎是Google,中文雅虎和悠游。依笔者帮助朋友们查找资料的体会看,目前有助于进行医学研究的网上中文信息还比较贫乏,要想真正研究课题必须具备直接查找英文医学信息的能力。下面的拙文读起来比较枯燥,如果您在做学问,建议参考一下。
 
顺便说一下,知道网址很重要,查找技巧也是很重要的,例如,如果在搜索引擎的搜索框直接输入:免疫性肝损伤,可能得到上千条与肝脏有关的信息,让人不知所措。如果输入带英文引号的字符串,"免疫性肝损伤",查找的准确性就会大大提高。为了方便大家查找英文医学信息,自己花费了一些业余时间,研究了一下如何查找英文医学信息的现状,下面介绍如何利用PubMed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
 
一、PubMed概述
找到PubMed网页比较容易,在美国国家医学图书馆的主页面,
http://www.nlm.nih.gov/,赫然写着:欢迎访问世界上最大的医学图书馆以及所属的Medline/PubMed( Welcome to the world's largest medical library and creator of Medline/PubMed.),通过链接进入。在上网计算机浏览器的地址栏键入yahoo,然后按下Ctrl + Enter,进入英文雅虎网站,在搜索框写入PubMed,也能找到PubMed入口链接。
 
PubMed是美国国家医学图书馆生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information NCBI at the National Library of Medicine NLM)所属的网上数据库,数据库包括美国和70个以上其他国家的4500多种医学期刊,包括的期刊从1971年开始自今,包括的文章从1966年开始至今,已经收集1100万条记录。在PubMed网页上Medline与PubMed多相提并论,那么,两者的异同是什么呢?Medline与PubMed都是NLM的数据库;区别在于,Medline收集的是原文的摘要及索引,是全文的概括。PubMed数据库是Medline的主要部分,能提供找到全文的多种线索,也有可能检索到部分原文的全文。通过Internet的PubMed网页入口能够访问Medline收集的多方面资料。DIV>
 
PubMed页面的顶上方与NCBI的其他几个数据库建立了链接(本文如果附加网页图像就比较清晰易懂)。这些数据库包括:Nucleotide(DNA序列)数据库;Protein[氨基酸(蛋白质)序列]数据库;Genome(基因组序列)数据库,提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务;Structure(分子结构模型)数据库,这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构;Popset(种群、种系发生或突变序列)数据库,是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果;Taxonomy(微生物类别)数据库;OMIM(人类孟德尔遗传学)数据库;另外,Books(相关图书)可链接到相关参考书籍的文摘页。其中,基因库GenBank是美国国家研究院(NIH)、美国国家医学图书馆(NLM)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)于1982年建立的核酸序列数据库,免费提供所有公开发表的核酸和蛋白质序列及其生物学注释和书目文献等信息。这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。它与日本DNA数据库(DDBJ)、欧洲分子生物实验室(EMBL)合作,形成国际核酸序列数据库协作体,每天交换数据,实行数据共享。DIV>
 
在左侧的Entrez PubMed栏目下的子项主要是对于PubMed使用的说明帮助(由于PubMed页面在变化之中,可能您看到的页面与本文不同)。DIV>
 
在左侧的PubMed Services栏目下的子项包括:Journal Browser 期刊浏览器,用于检索期刊;MeSh Browser浏览MesH表,加深对其的理解;Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容;Batch Citution Matcher用特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献;Clinical Queries为临床医生设置,通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围:治疗、诊断、病原学与预后。
 
在左侧的Related Resources栏目下的子项包括:Order Documents以收费方式提供全文拷贝,有多种价格与发送方式;Consumer Health链接MEDLINEplus,MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网页;Clinical Alerts加快NIH资助的临床研究成果的发布。DIV>
 
二、PubMed数据库的基本检索方法
在PubMed页面上方可以看到一个检索框,简单的用法就是在检索框里输入关键词,然后回车或鼠标点击Go按钮。PubMed会将检索结果直接显示出来。在检索框的左面有一个下拉菜单,可以在这里选择被检索信息资源或NCBI的其他数据库。Clear按钮可以清除检索框中的内容,然后开始一个新的查询。如果检索结果不符合要求,可以在检索框中增加或删除词语,或者在Details状态下来修改检索式,也可使用“Limits”选择限定条件后再进行检索。此外,用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行检索。
 
在检索框的下方有检索辅助功能按钮,其中有Limits (条件限定),Preview/Index(预览/索引),History(检索史),Clipboard(粘贴板),Details(详细策略)。
 
Limits(条件限定)可以限定年龄组、性别、人或动物、刊物语言、刊物类型、时间限制等。其中,语言选择有:英、法、德、意大利、日本、俄、西班牙等国家语种。年龄段选择有:出生--1月龄,出生--23月龄,1月龄--23月龄,0—18岁,2—5岁,6—12岁,13-18岁,19岁以上,19—44岁,45—64岁,80岁以上。DIV>
 
日期或日期范围检索,键入日期或日期范围,系统在日期字段检索,并将符合条件的记录予以显示。日期字段共有3种不同标识:[mhda](标引MeSH主题词的日期)、[dp](文献出版日期)和[edat](录入PubMed系统数据库的日期)。日期的录入格式为YYYY/MM/DD,如:2002/02/22[edat]。也可以不录月份和日子,如:2002[dp]或2002/12[mhda]。
 
Limits内的“Subsets”下拉菜单允许做如下限制:“AIDS”限制在艾制滋病文献库;“AIM”限制在AIM(Abridged Index Medicus)引用的120种重点核心期刊文献库;“Dental”限制在口腔学文献库;“MEDLINE”限制在MEDLINE数据库;“Nursing”限制在护理学文献库;“Publisher”限制在出版商提供的文献数据库。
 
Preview(预览)可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在检索框中键入检索词,单击Preview,PubMed返回的信息是文献条目的数量,而非内容。通过增加一个或多个单词来修改查询方案。可以继续向框中加入多个词语,点击Preview直到得到希望的内容。向下拉开Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分,使用下拉菜单确定一个检索域,向文本框中加入词语,单击Preview可以看到查询结果。Preview自动使用“AND”运算符来将单词合为一体,即要求同时查询包含两个词的文献。
 
Index(索引)可以从特定域中选择已索引的单词,并把他们加入查询方案之中。Index(索引)中可以查看某一个特定检索域中词语列表。例如选择“Title/Abstract Word”作为检索域,键入检索词gene therapy ,点击Index按钮,PubMed以字母顺序显示所选定检索域中相关的词语,使用滚动条或“Up  Down” 来上下移动列表。选择“gene therapy”。使用“AND”关系,继续Preview,得出检索结果。系统允许从索引词表中同时选择多个词(按下Ctrl键点击每个词即可),当需要的词全部定义后,点击运算符号可以将其加到检索框中。然后点击Preview键,系统显示新检索结果数。还可以从其他检索字段中选择词汇,不断增加到检索框中,直到满意为止。最后点击Preview查看检索结果记录数,或点击Go显示检索结果。
 
History(检索史)主要用于查看检索策略,也可用于查看检索结果记录数量。点击History,显示检索史,检索号、检索策略、检索时间和检索结果数。要查看检索到的记录,直接点击检索结果数即可。在History状态下,可以将检索式用逻辑运算符连接起来后再检索。如:关键词1 AND 关键词2。在检索史(History)被删除后也会随之丢失。要清除检索史,请点击Clear History键。PubMed最多可保留100个检索式,超过100个时自动删除最早的检索式。
 
Clipboard(粘贴板)是在一次检索中存放检索结果的地方,便于集中存盘、打印或订购原文。粘贴板最多能存放500条记录。只要粘贴板中有记录,就可点击Clipboard查看其中的记录(记录为Summary格式)。粘贴板按记录存放的先后顺序显示记录。要把检索结果全部存入粘贴板中,只需直接点击Add to Clipboard键。如果要把部分检索结果存入粘贴板,需要点击该记录左边的选择框后,再点击Add to Clipboard键。完成后,记录编号的颜色变绿。
 
Details(详细策略)用于查看PubMed的检索策略。使用Details还可以对检索策略进行编辑,然后再次检索。在PubMed Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域:Result区显示检索结果的记录总数,点击这个数字,可回到检索结果显示屏。Translation区显示检索词转换的详细情况。Database区显示检索的数据库。User Query区显示用户键入的检索词或检索表达式。对检索策略进行编辑可直接使用鼠标点击PubMed Query框中的检索策略,将其增加、删除或修改后点击Search键。
 
三、PubMed数据库是如何工作的
在的检索框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种索引,对检索词自动进行转换后再进行检索。
 
1)MeSH转换表(MeSH Translation Table),包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和Text word词(题名词和文摘词)进行检索。例如:键入“Vitamin h",系统将其转换成"Biotin [MeSH Terms] OR Vitamin h [Text word]"后进行检索。
 
美国国家医学图书馆邀请专家汇集约20,000多个医学主题词并加以整理,使之规范化,编制成的一个表,即《医学主题词表》(Medical Subject Headings,简称MeSH)。MeSH附有各种参照和注释,它是对生物医学文献进行标识和检索的依据,能达到最佳检索效果。如果是手工检索,查阅医学主题词表是制定检索策略的重要依据。
 
2)刊名转换表(Journal Tanslation Table),包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为MEDLINE缩写后进行检索。如在检索提问框中键入:“new england journal of medicine",PubMed将其转换为"N Engl J Med"后进行检索。
 
3)短语表(Phrase list)。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统和补充概念(物质)名称表。如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词,就会查找短语表。
 
4)著者索引(Author Index)。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词,或者键入的词是一个后面跟有1--2个字母的短语,PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词,PubMed就会把该词断开后再重复上述转换过程,直到找到为止。若仍然没有匹配词,单个词会被用AND连在一起,在全部字段中检索。如:"single cell",系统就会自动将其分成两个词:“single“和“cell”检索,其检索表达式为:“single AND cell”。要查验检索词的转换情况,可点击“Details”键。实际上,PubMed数据库记录也是按照上述规则录入的。
 
四、PubMed数据库的高级检索方法
PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行检索。如:键入“bacter*”,系统会找到那些前一部分是bacter的单词(如bacteria, bacterium, bacteriophage等),并对其分别进行检索。如果这类词少于150个,PubMed会逐个词检索,若超过150个(如:Staph*),PubMed将显示警告信息,要求增加词汇的开头字母数量。通配符功能只限于单词,对词组无效。如:“infection*”包括“infections”,但不包括“infection control”等。使用通配符功能时,PubMed系统会自动关闭上述词汇转换功能。
 
在PubMed主页的检索框中键入一个短语后点击Go,系统会用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索。但是,当键入的词语无匹配词时,PubMed就会将键入的词语断开后,再重复上述自动词汇转换过程,若仍然没有匹配词,系统就将短语分解成单词,再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显,这样检索的结果是不符合用户要求的。因此,PubMed允许使用英文双引号(“ ”)来强制系统进行字符串检索(注:英文引号与中文引号看起来差不多,但是内码不一样,产生的结果也不同,使用中文标点符号使许多程序员通常的毛病)。例如,在PubMed主页的检索框中键入Single cell,并用双引号,然后点击Go,系统会将其作为一个不可分割的字符串在数据库的全部字段中进行检索。使用双引号检索,会自动关闭词汇转换功能。
 
PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接,在检索结果的显示状态下,每条记录的右边均有“Related Articles”链接。点击该链接,系统按文献的相关度从高到低显示相关文献,链接NCBI数据库,链接外部资源。PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、各序列中心等的链接。该功能通过链接上述站点的方式来实现。在检索结果显示状态下,点击“LinkOut”进入相关网站。
 
灵活运用检索策略,例如可以倒置主题词,就是把复合主题词中被修饰的名词作为标目放前面,定语放在名词之后,并用逗号分开。这样,可使医学概念相近的族性词汇集中在同一主题下,便于检索。假设有SHOCK, CARDIOGENIC (心源性休克) ,SHOCK, HEMORRHAGIC(出血性休克), SHOCK, SEPTIC(败血性休克), SHOCK, SORGICAL(外科性休克),SHOCK, TRAUMATIC(创伤性休克),这些复合主题词经倒置后,各种有关休克的文献都集中在SHOCK这个主题词下。
 
在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为:著者姓 <空格> 名字首字母缩写,例如smith ja,然后回车或点击Go,系统会自动到著者字段去检索,并显示检索结果。如果在著者姓名前后使用双引号,并用著者字段标识——[au]加以限定,如“smith ja”[au],那么系统将强制检索著者字段。
 
在检索框中键入刊名全称或MEDLINE简称、ISSN号,例如:molecular biology of the cell,或mol biol cell,或1059-1524,然后回车或点击Go。如果刊名与MeSH词表中的词相同,例如:Gene Therapy、Science或Cell等,PubMed将把这些词作为MeSH词检索。这时需要用刊名字段标识——[ta]加以限定,如“gene therapy[ta]”。单个词的刊名也需要用[ta]限定,如:Scanning[ta]。否则系统将在全部字段中检索。使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。使用ISSN号进行检索,则不能保证检到数据库中较早的记录。若刊名有括号,录入时应将括号省略。如:J Hand Surg[Am],应键入:J Hand Surg Am。
 
PubMed系统允许使用布尔逻辑算法检索(Boolen Operators),PubMed规定布尔逻辑算法用大写AND、OR、NOT来表示,如果用图形表示很容易理解。逻辑与 AND,例如smoking AND lung-neoplasms,表示两个概念相交的结合部;逻辑或OR,例如Hyperphagia OR Obesity,表示两个概念之和;逻辑非 NOT,例如Dyslexia NOT Child,表示两个概念之一。布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右,可使用圆括号来改变其运算顺序。如common cold AND (vitamin c OR zinc),圆括号中的检索式最先运算。布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段。其检索表达式的格式为:检索词[字段标识] 布尔运算符 检索词[字段标识]。如:dna[mh] AND crick [au] AND 1993 [dp]。又如:asthma[mh]  AND  review[pt]  AND child[mh]。
 
PubMed还有期刊浏览器(Journal Browser)用于查找指定期刊上发表的文章,可分别以期刊的全名或名称中的某个词,期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索。若点击链接journals with links to full-text web sites,可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。
 
检索带文摘的记录的格式:检索词 AND hasabstract,如:liver cancer AND hasabstract。1975年前出版的文章,其MEDLINE记录中没有文摘。也可以选中“Limits”中的“only items with abstracts”复选框(推荐)。
 
主要字段标识表。我们通过上面的一些举例已经知道字段标识的作用,这里介绍主要字段标识的如下:
 
主要字段标识   代表字段名称        简要说明
AD             AFFILIATION         第一责任者的工作单位、地址,合同号
ALL            ALL FIELDS          全字段
AU             Author Name         作者姓名
EDAT           Entrez Date         录入PubMed系统数据库的日期
IP             Issue               期刊的期号
TA             Journal Title       期刊名称或ISSN号
LA             Language            语言文种
MHDA           MeSH Date           标引MeSH主题词的日期
MAJR           MeSH Major Topic    主要MeSH主题词
MH             MeSH Terms          全部MeSH主题词
PG             Page Number         期刊页码
DP             Publication Date    文献出版日期
PT             Publication Type    文献类型包括综述、临床试验、通信等
TW             Text Words          题名词和文摘词
TI             Title Words         题名词
VI             Volume              期刊卷号
 
五、PubMed数据库的检索结果
PubMed系统可用多种不同的格式显示检索结果,默认摘要格式(Summary)。打开Summary下拉菜单,从中选择一种格式并用鼠标点击,然后点击Display键,系统按所选格式显示检索结果。如果只需要显示其中一部分记录,则需点击该记录左边的选择框,标记后,再点击Display键。如果只需显示一条记录,则可直接点击该记录中的作者姓名超链接,系统会自动显示该记录的文摘格式。点击Text键,系统显示记录的纯文本形式。点击Show键,可选择每页显示的记录条数。点击Select Page的数字,显示相应Web页的记录。点击Sort键,可以分类显示。
 
摘要格式(Summary),在缺省设置下PubMed采用这种显示格式,其显示的内容包括以下几项:
作者:纪录中的所有作者都奖杯显示出来;相关:列出相关内容,如文章、蛋白质、核苷酸等(列出的文章不以摘要格式显示);文章题目:英语以外的语种的题目将被翻译成英语,并且加上括号;来源:提供文献所在期刊名的缩写,出版时间,卷,页数,也包括语种(针对非英语文献),出版类型。没有摘要的文献将显示“No abstract avilaible”;标识数字:提供PubMed标示(PMID)与MEDLINE唯一标识(UI)。另外,简明格式( Brief)显示的条目内容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识;摘要格式(Abstract)将会显示以下几项内容:文献题目、作者、第一作者单位(地址)、期刊来源(期刊名简写、出版日期、卷、页数)、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识;图例格式(Legend):显示文献出处、名称、作者、第一作者单位(地址)、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识;引证格式(Citation)提供如下信息:文献出处、文献题目、作者、第一作者单位(地址)、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、(如果存在)化学物质、(如果存在)巨大数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识;MEDLINE格式(MEDLINE) 用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的内容,使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序;查询概要(Retrieval Summary)查询概要显示了查到所有条目的数量,以及需要多少页来显示,缺省情况下20条/页;Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。
 
详细内容(Details),单击Details按钮可以显示你正在进行的查询方案,包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射;错误信息,比如禁用词、截断警告、错误拼写等;在编辑框中可以编辑一个新的查询方案,然后重新提交;在这里还可以保存查询方案。用户可以在Details的对话框中修改查询方案,然后点击“Search”按钮进行新的查询。Result下的数字是查询结果,并且可以链接到现今的查询结果。
 
在Details中保存一个查询方案:单击URL按钮,PubMed将返回到查询结果窗口,经过修改的查询方案将显示在对话框中,并且查询方案也被嵌入URL中,然后使用你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签,保存后,可以编辑书签功能将此书签改为比较容易记忆的名字,使用方法与其他的书签相同。
 
PubMed系统可用不同的格式保存检索结果,默认Summary格式。PubMed系统允许最多可保存5000条记录。要保存全部检索结果时,打开Summary下栏菜单选择其中一种格式,然后点击Save键;要保存特定记录时,点击记录左边的选择框予以标记后,再点击Save键。存盘时PubMed默认文件名为“query.fcgi”。该文件名可以修改,文件格式也可在“.fcgi”和“.txt”中选择。如果想存为网页格式,则需要使用浏览器的“另存为...”功能,并选择“.html”格式后再存盘。
 
本文主要是翻译PubMed网页的帮助文本写成,请批评指正,希望抛砖引玉,请网友将您的检索体会告诉我,让大家共享。

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